Né à Montréal, Christian Duguay est un diplômé de la faculté de cinéma de l'université Concordia, où ses projets étudiants lui ont valu de nombreux prix. Duguay a commencé sa carrière en tant que monteur et directeur de la photographie.

Pendant plusieurs années, il a voyagé à travers le monde et tourné des documentaires pour quatre réseaux de télévision. Il est ensuite retourné au Canada où il a travaillé en publicité comme directeur photo.

En 1996, Duguay réalisait la remarquable minisérie Les jumelles Dionne : l'envers du décor, une coproduction Canada-États-Unis sur les quintuplées Dionne qui fut diffusée à CBS et qui mettait en vedette Beau Bridges et Kate Nelligan. Son travail a d'ailleurs été récompensé par le trophée Gemini du meilleur réalisateur de l'année.

Depuis, Duguay s'est forgé une solide réputation, tant au cinéma qu'à la télévision, et son travail de réalisateur a été remarqué au Canada, aux États-Unis et outre-mer. La télésérie Joan of Arc, diffusée à CBS en 1999, a été mise en nomination pour douze prix Emmy et quatre Golden Globe, dans les catégories « meilleure minisérie » et « meilleur réalisateur », entre autres.

Quand il ne tourne pas de longs métrages, Duguay réalise des messages publicitaires.